Για τη φοίτηση στο ΠΜΣ καταβάλλονται συνολικά τέλη φοίτησης ύψους τριών χιλιάδων (3.000 €) ευρώ. Το ύψος των τελών φοίτησης και ο τρόπος καταβολής μπορούν να αναπροσαρμόζονται με πρόταση της Σ.Ε. του ΠΜΣ, απόφαση από τη Συνέλευση του Τμήματος Ιατρικής και επικύρωση αυτής από τη Σύγκλητο του οικείου Ιδρύματος. Η καταβολή των τελών φοίτησης γίνεται σε τρεις ισόποσες δόσεις, η πρώτη κατά την εγγραφή και η δεύτερη και τρίτη πριν από την έναρξη του Β΄  και Γ΄ εξαμήνου αντίστοιχα, σε τηρούμενο τραπεζικό Λογαριασμό του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων και Έρευνας (ΕΛΚΕ) του Α.Π.Θ. 

Απαλλάσσονται από τα τέλη φοίτησης, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές των οποίων το εισόδημα (ατομικό ή οικογενειακό) δεν υπερβαίνει το μεν ατομικό το εκατό τοις εκατό (100%), το δε οικογενειακό το εβδομήντα τοις εκατό (70%) του εθνικού διάμεσου ισοδύναμου εισοδήματος. Οι απαλλασσόμενοι φοιτητές δεν θα πρέπει να ξεπερνούν το ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνολικού αριθμού των φοιτητών που εισάγονται στο ΠΜΣ και η απαλλαγή τους αφορά στη συμμετοχή σε ένα μόνο ΠΜΣ Σύμφωνα με το άρθρο 35 του Ν. 4485/2017, αν οι δικαιούχοι υπερβαίνουν το ανωτέρω ποσοστό, επιλέγονται με σειρά κατάταξης από αυτούς που διαθέτουν το μικρότερο εισόδημα.