Ο οικείος Κανονισμός Μεταπτυχιακών Σπουδών προβλέπει τη χορήγηση υποτροφίας σε μεταπτυχιακούς φοιτητές, μετά από πρόταση της ΣΕ και απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος. Οι υποτροφίες δίνονται με βάση ακαδημαϊκά, αντικειμενικά κριτήρια (ενδεικτικά αφορούν φοιτητές κανονικής φοίτησης, υψηλό μέσο όρος βαθμολογίας προηγούμενου εξαμήνου, κλπ), ή προσφορά υπηρεσιών και πρέπει να εγγράφονται στον εγκεκριμένο προϋπολογισμό του ΠΜΣ Οι όροι χορήγησης, οι υποχρεώσεις και τα δικαιώματα των υποτρόφων καθορίζονται με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.

Ειδικότερα στο ΠΜΣ με τίτλο “Cardiovascular Disease” προβλέπεται ετησίως η χορήγηση μίας (1) υποτροφίας αριστείας με την απαλλαγή ποσοστού 50% της καταβολής των τελών φοίτησης στον/στην φοιτητή/τρια που θα ολοκληρώνει το πρόγραμμα σπουδών στον προβλεπόμενο χρόνο συγκεντρώνοντας την υψηλότερη βαθμολογία. Η εν λόγω υποτροφία θα δίνεται ,  μετά από σχετικό αίτημα στον ΕΛΚΕ ΑΠΘ, για την επιστροφή του 50% των τελών φοίτησης.